重点生态功能区实行产业准入负面清单，是党的十八届五中全会确定的战略任务，是健全主体功能区制度的重大举措，是中央全面深化改革的一项重要任务。《重点生态功能区产业准入负面清单编制实施办法》（以下简称《办法》）的正式印发，对于构建国家生态安全战略格局、加快建设主体功能区、推进生态文明体制改革具有重要意义。
《办法》的印发和实施有利于健全主体功能区配套政策体系。我国已于2011年6月正式发布了首个全国性国土空间开发规划《全国主体功能区规划》， 《办法》的印发和实施，是细化完善主体功能区产业政策的重要举措，有利于健全主体功能区财政、产业、人口等“9+1”配套政策体系，进一步强化主体功能区作为国土空间开发保护基础制度的作用。按照《办法》要求，各地将根据不同类型重点生态功能区的特点和保护需要，编制实施产业准入负面清单，并加强监督检查。这将促进各地根据重点生态功能区定位，合理调控工业化城镇化开发内容和边界，逐步推动负面清单内产业跨区域转移或退出，促进形成符合主体功能定位的产业结构。
《办法》的印发和实施有利于提升生态产品供给能力。总体上看，我国提供工业品的能力迅速增强，提供生态产品的能力却在减弱。因此，提升生态产品供给能力是推进生态文明建设的重要方面。重点生态功能区以提供生态产品为主体功能，实行产业准入负面清单制度，可以约束地方更加注重维护生态功能、改善生态环境、保障公共健康，配合以逐年加大力度的重点生态功能区的财政转移支付，将有效保持并提升重点生态功能区的生态产品供给能力。
《办法》的印发和实施还有利于促进政府治理能力现代化。重点生态功能区是指生态系统十分重要、关系全国或较大区域生态安全，但是目前其生态系统有所退化，需要在国土空间开发过程中限制进行大规模高强度工业化城镇化开发的区域。编制实施重点生态功能区产业准入负面清单，是在现行《产业结构调整指导目录》《市场准入负面清单草案（试点版）》的基础上，针对重点生态功能区这一特定类型区域，有针对性地明确禁止和限制发展产业目录，有利于建立健全政府对不同类型地区实行差别化、精细化的空间治理机制，也有利于社会各界的监督。这也是落实“法无禁止皆可为”治理思路、完善负面清单制度所做的重要探索。
