根据《临沂市工程研究中心管理办法》文件，市工程研究中心运行评价程序应遵循以下规定：一、市工程研究中心实行优胜劣汰、动态调整的运行评价制度。市发展改革委原则上每两年组织一次评价，主管部门每年组织一次自查。

二、市发展改革委负责制定市工程研究中心评价细则，明确评价指标体系、数据采集规范、材料报送要求等事项。

三、市工程研究中心运行评价程序：

（一）材料提交。依托单位提交市工程研究中心工作总结报告、评价数据表、证明材料以及真实性承诺书。

（二）材料初审。主管部门对市工程研究中心评价材料进行核实，行文将评价材料报送市发展改革委。

（三）材料核实。市发展改革委委托第三方机构组织专家对市工程研究中心评价材料及相关情况进行核实，形成评价结果。评价得分85分及以上为优秀；60分至85分（不含85分）为合格；低于60分为不合格。

（四）公布结果。市发展改革委对评价结果进行审核确认，并向主管部门进行通报。